Escudo del Club Baloncesto San Juan
En la categoría de 1ª Nacional el plantel sanjuanero estuvo dos temporadas. El primer partido que jugaba en categoría regional fue frente al Ocaso La Palma ganándose por 110 a 85, jugaron por los nuestros: Abraham (12), Pablo Guillén (9), Mojarro (33), Moro (10) y Fran Méndez (15). También tuvieron sus minutos Fran Pérez (6), Iván (8), Chicho (2), Domínguez (6), Serrano (7) y Pascual (2).
En la primera campaña se obtuvo el subcampeonato con 14 victorias y 6 derrotas, sin embargo en los cruces para el ascenso no se tuvo suerte y se perdió los dos partidos contra el GSH Churriana.
Sin embargo en la temporada 2006-07 se obtuvo de nuevo el subcampeonato con el balance de 18 victorias y 6 derrotas, jugando para el tercer y cuarto puesto, el que venciera en doble partido ascendería a 1ª División Masculina, el rival, el Rofer Pozoblanco, el primer partido se jugó en San Juan ganándose el partido por 10 puntos de diferencia (75-65), el segundo jugado en Pozoblanco se perdió por menos diferencia (75-69) consiguiendo con ello el ascenso a superior categoría.
Las dos siguientes temporadas el club sanjuanero se estuvo codeando en 1ª División Masculina, la primera de ellas, 2007/08, se terminó en la liga regular en 8ª posición de su grupo, siendo finalmente 15º. Al año siguiente se ocupó la 6ª posición del grupo KA con 11 partidos ganados y 7 derrotas. El equipo se había salvado de nuevo para permanecer un año más en la categoría, sin embargo, el club no se podía sostener económicamente y se decidió descenderlo a categoría provincial.
En estos años el club logró el IIº Torneo Delegación Onubense de Baloncesto en 2007 ganando la gran final al todopoderoso Cash de Lepe por el tanteador final de 93 a 82, en la siguiente edición







