San Juan del Puerto siempre ha sido un pueblo que a lo largo de su historia se ha inundado. Las razones han sido varias entre ellas podemos destacar: estar casi al nivel del mar, las líneas férreas que hacen de embalse e impide que las aguas puedan desembocar en el río Tinto. Hay noticias de inundaciones desde el siglo XVIII, se sufrió una el 20 de enero de 1787. Las últimas inundaciones importantes se han dado en los años 1977 y 1983.
