El Club Deportivo San Juan ha jugado a lo largo de su historia liguillas o promociones de ascenso para poder subir de categoría, algunas veces se pudo conseguir el objetivo de ascender pero otras no se puedo alcanzar.
Repasando la trayectoria del equipo sanjuanero en las distintas liguillas o promociones de ascenso que disputó tenemos que reseñar que la primera liguilla de ascenso que jugó fue en la temporada 1980-81 cuando el equipo quedó 2º clasificado del grupo B de 2ª Provincial. Los equipos que jugaron la liguilla para ascender a 1ª Provincial fueron: Club Deportivo Aljaraque, Club Deportivo San Juan, Club Deportivo Canela, Jabugo Club de Fútbol, Club Deportivo Trigueros Balompié y Unión Deportiva Villarrasa. En esta liguilla de ascenso jugó 10 partidos, de ellos ganó 3, empató 2 y perdió 5, marcando y recibiendo los mismos números de goles, 14. A pesar de estos números el equipo ascendió junto a otros cuatro quedándose solamente en la estacada el último clasificado de dicha liguilla que fue el equipo representativo de Villarrasa.
La segunda participación del equipo en una liguilla de ascenso fue en la temporada 1985-86, fue a la 1ª Provincial, categoría que se perdió en la temporada anterior. Los sanjuaneros terminaron la liga regular en la 3ª posición dándole así derecho a disputar la liguilla con los equipos de Club Deportivo Iliplense, Club Deportivo Bonares, Unión Deportiva Aracena, Club Deportivo El Granado y Club Deportivo Valdelamusa. Tras la disputa de las 10 jornadas, el equipo quedó primero, ascendiendo automáticamente de categoría.
