La Federación Andaluza de Fútbol invitó al Club Deportivo San Juan a competir en Regional Preferente porque hubo una reestructuración en dicha categoría y habían plazas por cubrir. El club presidido por Pablo San Andrés Carrasco, aceptó dicha invitación para jugar en preferente para la campaña liguera de 1968-69. Esta categoría era de carácter regional y era un reto para el dirigentes del equipo ya que habría que hacer un esfuerzo económico importante. En la anterior temporada el equipo blanquiazul terminó la competición en una dignísima quinta posición con 20 puntos.
Escudo del Club Deportivo San Juan
El 22 de septiembre de 1968, los entrenados por Andrés Toro Prieto, comenzaron su andadura en Regional Preferente por primera vez en su historia. Ese día comenzó el campeonato en esta categoría, el calendario designó como primer rival al equipo del Club Deportivo Olivares en tierras sevillanas, al final del tiempo reglamentario la victoria sonrió a los sanjuaneros por el tanteador de 1 a 2. La primera alineación en esta categoría que defendió la elástica sanjuanera fue la siguiente: Curro en la portería; Quintero III, Tirado, Sosa, Ramos que jugó como capitán, Ofi, Lolo, Franco, Abad, Mariano y Labrador. Estuvo como portero suplente Landero.
