Son muchos los vínculos que han unido a lo largo de la historia entre San Juan del Puerto y Niebla los alrededor de 14 kilómetros que separan ambas poblaciones no han sido obstáculo para entablar contactos entre ambos pueblos.
Empezando por los geográficos que nos unen, sin lugar a dudas tenemos que hablar del río Tinto y el cuyas aguas pasan por los dos términos municipales.
Con respecto a la historia, la vinculación se inició desde la propia fundación de San Juan del Puerto, ya que el Duque de Medina Sidonia, Conde de Niebla, otorgó una Carta Puebla para la fundación del Puerto de San Juan en 1468. En 2018, en concreto el 10 de enero, se cumplía 550 años de dicha fundación, esta efemérides fue aprovechada por el ayuntamiento sanjuanero para el hermanamiento con Niebla, unos meses más tarde el consistorio iliplense aprobó el hermanamiento con San Juan del Puerto.
En Villarrasa los Duques de Medina Sidonia, Conde de Niebla, otorgaron Carta Puebla fundacional a los habitantes del Puerto de San Juan el 10 de enero de 1468.
A partir de ese año los lazos entre Niebla y San Juan del Puerto estuvieron unidos por la figura del Duque de Medina Sidonia, ya que ambos pueblos estuvieron sujetos a dicho señorío. Este vínculo se rompió cuando fueron suprimidos los señoríos al comienzo del siglo XIX, sin embargo la relación entre ambas poblaciones seguirían su curso entre sus habitantes.